ייצור בקבוקי יין מזכוכית צריך לעבור שלבים רבים, שזה תהליך מאוד מסובך, ולכן יהיו בעיות קטנות שונות, שיגרמו לביטול בקבוקי יין מזכוכית והחזרתם לכבשן לצורך התכה מחדש. לדוגמה, בועות הן הבעיה הנפוצה ביותר, אז יין זכוכית מדוע הבקבוק מייצר בועות אוויר?
1. הבעיה של תהליך האצווה: יכול להיות שזה בגלל שיחס המרכיבים שגוי, וגם תהליך הייצור שגוי.
2. בעיית הכבשן: יכול להיות שנוזל חומר הזכוכית בכבשן אינו נקי או טמפרטורת החומר לא אחידה, מה שיגרום לבועות וחלקיקים קטנים בבקבוק היין מזכוכית.
3. בעיית חומר ההבהרה: היא עלולה להיגרם מכמות לא מספקת של חומר ההבהרה, צמיגות יתר של נוזל זכוכית במהלך הבירור וחמצון תכלילים זרים, כך שייווצרו מעט בועות אוויר בתהליך היציקה.